上海金瑞学校的STEM特色课程分别由科学、科技两大板块组成，其中科学部门的特色课程为英语百科，由教授科学课程的外籍教师负责，以自然科学为内容，全英文授课的方式教授。在中学选修课程中，还会开设统筹科学等相关课程；科技板块覆盖机器人、人工智能、城市建筑、航空航天等内容。